UURIMISMATERJAL
Algmaterjaliks (Joon.9), millest looduses kõige sagedamini uurimismaterjali kogutakse, võivad olla näiteks loomade-lindude surnukehad, putukad, munad ja munakoored, nahk, luud, karvad, okkad, suled, soomused, lisaks veri ja teised kehavedelikud (näiteks maomürk), väljaheited, räppetombud, samuti muld ja muud pinnase- ja veeproovid ja veel palju muud. DNA allikaks (eelkõige looduskaitselisel eesmärgil) kasutatakse ka hammustuse kohti, toidupalasid maost, nahast tooteid (raha- ja käekotte, püksirihmu, jalanõusid), samuti konserve ja muid toiduaineid, lisaks mitmesuguseid meeneid ja luksusasju nagu elevandiluust kujud, ninasarviku sarved, ehted jne.jne. |
Joonis 9. Molekulaarse ökoloogia uurimismaterjal.(Autor: Katrin Kaldma.)
|
Uuritavate indiviidide arv - "Mida rohkem, seda uhkem"?
Üldine arusaam uuringute puhul, kus kavatsetakse kasutada statistilist analüüsi on selline, et proovide hulk peaks olema “mõistlikult suur”. Tegelikkuses tähendab see vähemalt kümmet isendit populatsiooni kohta, kuid esmase eesmärgina võiks koguda üle kahekümne. Juhul, kui proovikogumise metoodika on läbimõeldud, siis üle 30-40 proovi sageli enam midagi juurde ei anna, kuid kindlasti oleneb lõpuks kõik kasutatavatest markeritest.
Üldine arusaam uuringute puhul, kus kavatsetakse kasutada statistilist analüüsi on selline, et proovide hulk peaks olema “mõistlikult suur”. Tegelikkuses tähendab see vähemalt kümmet isendit populatsiooni kohta, kuid esmase eesmärgina võiks koguda üle kahekümne. Juhul, kui proovikogumise metoodika on läbimõeldud, siis üle 30-40 proovi sageli enam midagi juurde ei anna, kuid kindlasti oleneb lõpuks kõik kasutatavatest markeritest.
Invasiivsed on meetodid, mida kasutades sekkutakse vähem või rohkem oma uurimisobjekti ellu, kuni looma hukkumiseni. Proovi saamiseks püütakse loom kinni ja bioloogilist algmaterjali võetakse tema küljest või tema sisemisetest õõnsustest. Näiteks, vereproovide võtmine, putukatelt hemolümfi kogumine, aga samuti areneva sule väljatõmbamine, mikrofloora ja parasiitide kaaped limaskestadelt, jms. Invasiivseks nimetatakse ka kogude (muuseumide jt. bioloogiliste kollektsioonide; Foto 1) proovide võtmist, mis kahjustab säilikut.
|
Foto 1: Topised Ungari Loodusmuuseumi linnukollektsioonis.
(Autor:Katrin Kaldma.) |
Mitteinvasiivsed on sellised meetodid, kus uurija ja uurimisobjekt tingimata kohtuma ei pea ja kogutakse uurimisobjekti elutegevuse tulemusena maha jäänud materjali. Näiteks väljaheiteid, mahapudenenud sulgi, karvu, karvu karvalõksudest (Foto 2), munakoori, ka murtud saaki, hammustatud toidupalu jms.
Foto 2: Karvalõks.
(Foto: Creative Commons)
(Foto: Creative Commons)
Töö bioloogiliste proovidega eeldab paindlikust ja visadust, sest DNA allikad erinevad neis leiduva DNA koguse, selle lagunemise määra ja eraldamise lihtsuse või keerukuse poolest.
Nn. kõvas materjalis - luudes, hammastes ja sarvedes on DNAd suhteliselt vähe ja seda sealt kätte saada keeruline. Pehmetes kudedes jälle vastupidi, DNAd on palju ja seda sealt eraldada lihtne, kuid tihti on see üpris lagunenud.
Lagunemist põhjustavad esmajoones mikroorganismid ja looduslik UV kiirgus, DNA kasutamist segab selle seostumine humiinhapetega.
Proovidega õige ümberkäimine on usaldusväärsete tulemuste saamiseks määrava tähtsusega ja juba välitöid planeerides peaks läbi mõtlema kogutava materjali säilitamisvajadused ja –nõudmised. Proovide jaoks tuleks kaasa võtta piisava varuga sobivaid ümbrikke, karpe, topse vms. konteinereid. Eeltöid tuleks teha nii palju, kui vähegi võimalik - sildistada ja vajadusel täita säilituspuhvri või piiritusega proovikogumisanumad, üksikasjadeni kaaluda proovikogumiseks kuluvat aega, vahemaid, ümbritsevat temperatuuri jms.
Mõningaid bioloogilisi proove tuleks kiiresti külmutada (koed, valgulised proovid ensüümiaktiivsuse määramiseks), samas paljudel juhtudel (DNA eraldamiseks) piisab, kui panna kogutud materjal ajutiselt tavalise viina sisse, mis pidurdab lagundavate ensüümide ja mikroobide tegevust ja hiljem laboris asendada viin laboripiiritusega.
Sellisel viisil hoituna säilib DNA stabiilsena aastaid.
Nn. kõvas materjalis - luudes, hammastes ja sarvedes on DNAd suhteliselt vähe ja seda sealt kätte saada keeruline. Pehmetes kudedes jälle vastupidi, DNAd on palju ja seda sealt eraldada lihtne, kuid tihti on see üpris lagunenud.
Lagunemist põhjustavad esmajoones mikroorganismid ja looduslik UV kiirgus, DNA kasutamist segab selle seostumine humiinhapetega.
Proovidega õige ümberkäimine on usaldusväärsete tulemuste saamiseks määrava tähtsusega ja juba välitöid planeerides peaks läbi mõtlema kogutava materjali säilitamisvajadused ja –nõudmised. Proovide jaoks tuleks kaasa võtta piisava varuga sobivaid ümbrikke, karpe, topse vms. konteinereid. Eeltöid tuleks teha nii palju, kui vähegi võimalik - sildistada ja vajadusel täita säilituspuhvri või piiritusega proovikogumisanumad, üksikasjadeni kaaluda proovikogumiseks kuluvat aega, vahemaid, ümbritsevat temperatuuri jms.
Mõningaid bioloogilisi proove tuleks kiiresti külmutada (koed, valgulised proovid ensüümiaktiivsuse määramiseks), samas paljudel juhtudel (DNA eraldamiseks) piisab, kui panna kogutud materjal ajutiselt tavalise viina sisse, mis pidurdab lagundavate ensüümide ja mikroobide tegevust ja hiljem laboris asendada viin laboripiiritusega.
Sellisel viisil hoituna säilib DNA stabiilsena aastaid.