PRAIMERID
DNA süntees on oma olemuselt ahela pikendamise protsess ja selle alustamiseks (õigemini siis jätkamiseks) on vajalik esiteks nn vaba 3'-OH ots ja teiseks nn näidisahel ehk matriits, mille eeskujul (nukleotiidide paardumise põhimõttel) uut ahelat ehitada.
PRAIMER (primer) on lühike (harilikult 15 - 25) nukleotiidne järjestus, mis paardub DNA molekuli ühe ahelaga. Selle tulemusena tekib nn vaba (3'-OH) ots, millele DNA- polümeraas saab juurde lülitada uusi nukleotiide ja sünteesida olemasoleva ahelaga komplementaarse DNA ahela.
Kui uurimisobjekti nukleotiidne järjestus või huvipakkuva piirkonnaga külgnevad järjestused on teada, siis valitakse sünteesi algatamiseks sobiv praimerite järjestus sealt. Kui eelnevalt midagi teada pole, siis valitakse praimerid kas lähedaste liikide homoloogsete piirkondade või loomariigi üldise homoloogia alusel.
PRAIMER (primer) on lühike (harilikult 15 - 25) nukleotiidne järjestus, mis paardub DNA molekuli ühe ahelaga. Selle tulemusena tekib nn vaba (3'-OH) ots, millele DNA- polümeraas saab juurde lülitada uusi nukleotiide ja sünteesida olemasoleva ahelaga komplementaarse DNA ahela.
Kui uurimisobjekti nukleotiidne järjestus või huvipakkuva piirkonnaga külgnevad järjestused on teada, siis valitakse sünteesi algatamiseks sobiv praimerite järjestus sealt. Kui eelnevalt midagi teada pole, siis valitakse praimerid kas lähedaste liikide homoloogsete piirkondade või loomariigi üldise homoloogia alusel.
Joonis 10. DNA matriitsahela ja praimeri vajalikkus DNA polümeraaside tööks.
Allikas: Geneetika (2012) lk.239.
Allikas: Geneetika (2012) lk.239.
Kuivõrd praimerid on hetkel kõige sagedamini kasutatavate analüüsimeetodite olulised komponendid, siis uurimisprojektide õnnestumine või ebaõnnestumine sõltub oluliselt praimerite disainimisest.
Hoolikalt valitud järjestuse puhul on võimalus, et 20-nukleotiidne ala kordub genoomis, mille suurust mõõdetakse miljardites aluspaarides, rohkem kui ühe korra, kaduvväike.
Hoolikalt valitud järjestuse puhul on võimalus, et 20-nukleotiidne ala kordub genoomis, mille suurust mõõdetakse miljardites aluspaarides, rohkem kui ühe korra, kaduvväike.
Nagu teada, T ja A lämmastikaluste vahel on kaks ning G ja C lämmastikaluste vahel on kolm vesiniksidet (Joon.11). See tähendab, et G-C vaheline side on tugevam kui A -T vaheline, seega, praimeri 3'-ots, s.o koht, kust algab uue ahela süntees, peaks olema tugevasti fikseeritud ja praimer tuleks valida nii, et see lõpeks G- või C- nukleotiidiga.
Joonis 11. Vesiniksidemed lämmastikaluste vahel.
(Autor: Katrin Kaldma)
(Autor: Katrin Kaldma)
Praeguseks hetkeks on loodud palju erinevaid praimeri valikut lihtsustavaid veebilehti ja programme, mis on kõigile vabalt kättesaadavad.