MIKRO-JA MINISATELLIIDID
MIKROSATELLIITIDEKS nimetatakse kahe-, kolme- ja neljanukleotiidseid korduste plokke, mida leidub hajusalt üle organismide genoomide. Ideaaljuhul leitakse 10-20 enam-vähem ühtlaselt genoomis hajutatud markerit (e. varieeriva pikkusega kordusplokki) ja seal leiduvate alleelidega iseloomustatakse populatsioone.
Mikrosatelliitide analüüsimeetod kujutab endast PCRi produktide analüüsi.
Praimerid (üks paarist fluoromärgisega) valitakse kordustega külgneva ala järjestuse järgi, seega on vaja mõningast eelteadmist uurimisobjekti genoomi kohta.
Heaks markeriks teeb neid see, et neis toimub palju mutatsioone, mis muudavad plokis olevate korduste arvu.
Mikrosatelliidid on enamasti väga polümorfsed, ka homo- ja heterosügoodid eristuvad, mis tõstab selle meetodi väärtust.
Joonisel 14 on näha ühe lookuse erinevaid alleele väike-konnakotkastel (Aquila pomarina).
(Autor: Katrin Kaldma.)
Esimesel ja kolmandal rajal on tegemist homosügoodiga (näha üks alleel), teisel, neljandal ja viiendal heterosügoodiga (kaks eristuvat alleleeli). Teine, kolmas ja viies lind kannavad ühesugust alleeli, samuti teine ja neljas lind.
Analüüsimine toimub põhiliselt DNA automaatsekvenaatoriga. Küllalt kulukas on see meetod põhjusel, et statistilise jõu annab võimalikult paljude polümorfsete lookuste kasutamine. Keeruline osa on praimerite valik ja see, kui muteeruvad mikrosatelliitidega külgnevad alad, mille tagajärjel praimerid ei seondu ja produkti ei tule – saadakse „nullalleelid”.
Lähedaste liikide puhul (näiteks naerukajakad ja kalakajakad) on mikrosatelliitmarkerite ristkasutamine üsna levinud tava ja sellisel juhul jääb meetodi maksumus mõistlikuse piiridesse. Kui aga tuleb alustada päris nullist, siis tähendab see genoomse DNA lõikamist väiksemateks fragmentideks, nende fragmentide kloneerimist bakterisse ja bakterikolooniate kasvatamist. Saadud kolooniaid hübridiseeritakse järgnevalt kordusjärjestusi sisaldavate märgistatud proovidega. Märkega kolooniatest eraldatakse DNA ja neis olevad fragmendid sekveneeritakse. Saadud järjestusteste põhjal valitakse uued praimerid, mis valitakse kordustega külgnevatelt aladelt ja edasi amplifitseerimist väljavalitud alad ja kontrollitakse nendes esinevate kordusjärjestuste polümorfismi s.o sobivust markerina.
Suuremahuliste sekveneerimisprojektide kaassaadusena on kordusjärjestusi lihtsam leida, kuid iga üksiku markerikandidaadi polümorfsus või monomorfsus tuleb endiselt katse-eksituse teel välja selgitada.
Multilookuselised minisatelliidid -DNA sõrmejäljemeetod. „Sõrmejäljed” tekivad varieeruvast kordusjärjestuste arvust 40 – 60 np kordusplokkides. Mutatsioonitase sellistes kordustes on kõrge ja alleelid eristuvad geelelektroforeesil vastavalt neis esinevate korduste arvule.