MARKERID
MOLEKULAARSED MARKERID on enamasti lühikesed DNA või valkude polümorfsed järjestused, mida saab kasutada uurimisobjekti genoomis leiduvate erinevuste indikaatorina. Iga sellist tunnust vaadeldakse üksiku lookusena, mis võib, aga ei pea olema funktsionaalne geen.
Varieeruvate e. polümorfsete markerite leidmine ja iseloomustamine on olnud molekulaarse ökoloogia arengus määrava tähtsusega ja varieeruvamad markerid sobivad paremini kasutamiseks näiteks käitumisuuringutes, kus need võimaldavad eristada indiviide, samal ajal populatsioonigeneetilises kasutuses on mõõdukas polümorfism parem, sest sellisel juhul koguneb iga alleeli kandjatest suurem valim, mis on parem statistiliseks analüüsiks.
Levinumatest markeritest võiks nimetada
- mikrosatelliite, ajas kiiresti muutuvaid lühikesi (1 - 6 ap pikkuseid) DNA-kordusjärjestusi, mis sobivad indiviidide, liikide ja populatsioonide tuvastamiseks,
- minisatelliite, veidi pikemaid (20 - 300 ap pikkuseid) kordusjärjestusi kui minisatelliidid, mille kasutusvaldkond sarnaneb eelmisega,
- AFLP-sid - juhuslikke amplifitseeruvaid fragmente, mida kasutatakse puuduva eelinfoga lähiliikide või tüvede geneetilise varieeruvuse uurimiseks,
- restriktsioonifragmentide pikkuspolümorfisme (RFLP-sid), DNA fragmentide mustrit, mis saadakse PCR-i fragmentide lõikamisel restriktsiooniensüümidega, mis oma olemuselt on DNA-järjestuste muutusi kajastav meetod ja mille tulemusena eristuvad liigid, populatsioonid ja mõnikord ka indiviidid,
- DNA järjestuse andmeid, mis saadakse uuritava organismi DNA sekveneerimisel ja mille puhul isendite, liikide ning populatsioonide tuvastamiseks võrreldakse järjestuste sarnasusi ja erinevusi,
- allosüüme ja teisi valkude erinevustele rajatud meetode liikide evolutsiooni ja omavahelise suguluse uurimiseks.
Võrreldes teiste ökoloogiliste andmetega, saab molekulaarseid markereid ja nende varieeruvust ehk mõnevõrra täpsemini kvantiteerida ja statistiliste meetoditega analüüsida.
Varieeruvate e. polümorfsete markerite leidmine ja iseloomustamine on olnud molekulaarse ökoloogia arengus määrava tähtsusega ja varieeruvamad markerid sobivad paremini kasutamiseks näiteks käitumisuuringutes, kus need võimaldavad eristada indiviide, samal ajal populatsioonigeneetilises kasutuses on mõõdukas polümorfism parem, sest sellisel juhul koguneb iga alleeli kandjatest suurem valim, mis on parem statistiliseks analüüsiks.
Levinumatest markeritest võiks nimetada
- mikrosatelliite, ajas kiiresti muutuvaid lühikesi (1 - 6 ap pikkuseid) DNA-kordusjärjestusi, mis sobivad indiviidide, liikide ja populatsioonide tuvastamiseks,
- minisatelliite, veidi pikemaid (20 - 300 ap pikkuseid) kordusjärjestusi kui minisatelliidid, mille kasutusvaldkond sarnaneb eelmisega,
- AFLP-sid - juhuslikke amplifitseeruvaid fragmente, mida kasutatakse puuduva eelinfoga lähiliikide või tüvede geneetilise varieeruvuse uurimiseks,
- restriktsioonifragmentide pikkuspolümorfisme (RFLP-sid), DNA fragmentide mustrit, mis saadakse PCR-i fragmentide lõikamisel restriktsiooniensüümidega, mis oma olemuselt on DNA-järjestuste muutusi kajastav meetod ja mille tulemusena eristuvad liigid, populatsioonid ja mõnikord ka indiviidid,
- DNA järjestuse andmeid, mis saadakse uuritava organismi DNA sekveneerimisel ja mille puhul isendite, liikide ning populatsioonide tuvastamiseks võrreldakse järjestuste sarnasusi ja erinevusi,
- allosüüme ja teisi valkude erinevustele rajatud meetode liikide evolutsiooni ja omavahelise suguluse uurimiseks.
Võrreldes teiste ökoloogiliste andmetega, saab molekulaarseid markereid ja nende varieeruvust ehk mõnevõrra täpsemini kvantiteerida ja statistiliste meetoditega analüüsida.
ADAPTIIVSED MARKERID - on markerid või tunnused, mis alluvad selektsioonile ja mis mõjutavad organismi kohanemist tema elukeskkonnaga.
See on suure potentsiaaliga hoogsalt arenev valdkond keskkonnamuutuste mõju uurimiseks. Paradoksaalne, aga raku elutsüklis tekkivad vead on just see ressurss, mis võimaldab organismidel oma elukeskonnaga kohaneda, samuti annavad need vead materjali geneetiliseks uurimistööks.
See on suure potentsiaaliga hoogsalt arenev valdkond keskkonnamuutuste mõju uurimiseks. Paradoksaalne, aga raku elutsüklis tekkivad vead on just see ressurss, mis võimaldab organismidel oma elukeskonnaga kohaneda, samuti annavad need vead materjali geneetiliseks uurimistööks.
NEUTRAALSED MARKERID - DNA järjestus, mis on liigi eri isenditel või populatsioonisiseselt polümorfne (sellel on mitu varianti) ja mis pole valikusurve all (näit. mikrosatelliidid).
Siia kuuluvad DNA mittetransleeritavas (vt.translatsioon) alas asuvad mutatsioonid (lookustevahelised piirkonnad, intronid) ja DNA aluspaaride asendused, mis ei muuda aminohappeid (sünonüümsed asendused) või ei muuda aminohappe omadusi.
Keskkonnamuutuste monitoorimiseks sobivad neutraalsed markerid sellisel juhul, kui populatsioonid on oluliselt kahanenud või on häritud geenivool teistest populatsioonidest.
Siia kuuluvad DNA mittetransleeritavas (vt.translatsioon) alas asuvad mutatsioonid (lookustevahelised piirkonnad, intronid) ja DNA aluspaaride asendused, mis ei muuda aminohappeid (sünonüümsed asendused) või ei muuda aminohappe omadusi.
Keskkonnamuutuste monitoorimiseks sobivad neutraalsed markerid sellisel juhul, kui populatsioonid on oluliselt kahanenud või on häritud geenivool teistest populatsioonidest.